Üçüncü ve önemli fikir ayrılıklarından birisi de, Cemiyet yöneticilerindeki genel anlayışın, hükümet etme usulünü aynen Osmanlı’da olduğu gibi dini esaslara göre yürütme şeklinde olmasına rağmen, Mustafa Kemal’in din ve devlet işlerinin kesinlikle birbirinden ayrılması gerektiği konusundaki kararlılığıdır. Burada Mustafa Kemal’in Türkiye Cumhuriyeti’ni kurmadan uzun yıllar önce adı konulmamış bir “laiklik” mücadelesi verdiği görülüyor. Nihayet en önemli fikir ayrılığı Cemiyet’in sivilleşmesi konusuyla alakalıydı. Mustafa Kemal, Cemiyet’in mutlaka sivilleşmesi gerektiği, dolayısıyla İttihat ve Terakki Cemiyeti içerisinde siyasi faaliyet gösterecek olanların mutlaka ordudan ayrılması gerektiği inancındaydı. Cemiyet yöneticileri ise kesinlikle buna karşıydı. Mustafa Kemal’in bu konudaki inancını her zeminde en keskin şekilde ifade etmesi Cemiyet yöneticilerini ve bilhassa Enver Paşa'yı çok rahatsız ediyordu. İttihat Ve Terakki Cemiyeti’nin kuralları gereği tüm toplantıları gece vakitleri, gizli olarak, değişik yerlerde yapılıyor ve her toplantıya ayrı bir delege başkanlık ediyordu. 1909’da Selanik’te toplanan, Rumeli ve Anadolu yakası İttihatçılarının ilk ortak toplantısına başkanlık eden Mustafa Kemal, bu toplantının gündem konusu olan “Meşrutiyet ilân edileli bir yıl olmasına rağmen, yurtta sağlanamayan düzen, huzur ve istikrarın nasıl inşa edileceği” hususundaki görüş ve önerileri ile diğer delegeler üzerinde fevkalade tesirli izler bıraktı. Mustafa Kemal’in aynı toplantıda “Cemiyet ve Ordu” ilişkisi konusunda söylediği şu sözler, onunla Cemiyet yöneticileri arasındaki fikir ayrılığını çok net bir şekilde ortaya koyuyordu. Mustafa Kemal bu konuda şöyle diyor; “Ordu mensupları Cemiyet içinde kaldıkça millete dayanan bir parti kuramayız. Orduyu da zaafa uğratırız. Bugün mensuplarının çoğu ittihat ve Terakki Cemiyeti’nin üyesi olan 3. Ordu esas itibariyle modern bir ordu sayılamaz. Ordu ile cemiyeti ayıralım. Cemiyet, tam manası ile siyasî bir parti halinde milletin bünyesinde kök salsın. Ordu da aslî vazifesiyle uğraşsın. Bunun için Cemiyeti’nin muhtaç olduğu subayları veyahut Cemiyet’te kalmak isteyen ordu mensuplarını, istifa suretiyle Ordu’dan çıkaralım. Cemiyet’e mal edelim. Bundan sonra askerlerin herhangi bir partiye, siyasî bir teşekküle girmelerini önleyecek kanunî müeyyideler koyalım.” Mustafa Kemal’in, Cemiyet delegeleri üzerinde olağanüstü bir tesir icra eden bu görüşlerine karşılık Cemiyet yöneticileri Meşrutiyet’i korumak için askerî kuvvete ihtiyaç olduğunu ve dolayısıyla cemiyet üyelerinin orduda kalması gerektiğini savunuyorlardı. Bu konuda Mustafa Kemal ile Cemiyet yöneticileri arasındaki keskin fikir ayrılığı, o toplantıda çok sert tartışmalara sebep oldu ama sonuçta yönetim kademelerinin tüm ısrarlı karşı çabalarına rağmen Mustafa Kemal’in görüşü delegeler tarafından büyük bir çoğunlukla kabul edildi ve bu kabulün bir sonucu olarak pek çok cemiyet üyesi ordudaki görevinden ayrılarak Cemiyetteki faaliyetine devam etti. Ama Mustafa Kemal, İttihat ve Terakki Cemiyeti yöneticilerinin işleri yürütüşteki diğer ciddi üslup - yöntem - ilke farklılıkları sebebiyle, devlet ve millet için en doğru sonuçlara İttihat ve Terakki Cemiyeti üzerinden ulaşılamayacağına inandığı için ordudan ayrılmadı. Bu ise bir anlamda Mustafa Kemal’in İttihat ve Terakki Cemiyeti ile olan yaklaşık iki yıllık ilişkisinin fiilen sona ermesi anlamına geliyordu. Nitekim Mustafa Kemal “ordu ve siyaset ilişkileri” konusundaki bu görüşünü milli mücadeleyi takip eden yıllarda Türkiye Cumhuriyeti’ni ve ülkede siyasi örgütlenmeyi kurarken de aynen korudu ve zaman onu haklı çıkardı. Sonuç olarak Mustafa Kemal İttihat ve Terakki Cemiyeti’nin amaçlarını doğru buluyordu. Onun için aynı amaçları taşıyan “Vatan Komitesi”ne girdi ve daha sonra liderliğini ele aldığı bu hareketin adını “Vatan ve Hürriyet Cemiyeti” olarak değiştirdi. Sıkı takibata uğraması sebebiyle başında kalmayı sürdüremediği bu cemiyetin dağılması üzerine aynı amaçlar için çalıştığını düşündüğü “İttihat ve Terakki Cemiyeti”ne girmekten de geri durmadı. Ama yönetici kadrolarıyla çok önemli ve esaslı fikir ayrılıklarından dolayı bu cemiyet ile de ilişkisini kesip, ordu içerisinde aynı amaçlar için çalışmasına devam etti. (Devam edecek)