Sivas Kongresi, 4 Eylül 1919 Perşembe günü saat 14:00’de Sivas Lisesi’nde çalışmalarına başladı. (4–11 Eylül 1919) Kongre’ye bütün illerden temsilcilerin gelmesi öngörülmüştü ancak bazı bölgelerin işgal altında olması, Damat Ferit Paşa Hükümeti’nin olumsuz tutumu ve ulaşım zorlukları gibi nedenlerle  bu durum gerçekleşememiştir. Kongre’ye toplam 38 delege katılabilmiştir. Sivas Kongresi’nin açılışında Temsil Heyeti Başkanı ve davet sahibi sıfatıyla ilk konuşmayı Mustafa Kemal Paşa yapmıştır. Mustafa Kemal Paşa konuşmasında mütarekeden beri meydana gelen ve vatan topraklarını parçalamayı hedefleyen işgalleri, Batı’da Yunan, Doğu’da Ermeni zulümlerini dile getirmiştir. Hükümetin milli haklara sahip çıkmada aciz kaldığını gören halkın yurt topraklarını korumak için teşekküller oluşturduğunu belirterek, kongreden vatanın yekpare, milletin yek vücut olduğunu gösterir bir karar alınmasını istemiştir. Kongre başkanlığına Mustafa Kemal Paşa seçilmiş, ardından gündemdeki konuların görüşülmesine geçilmişti. Yapılan çalışmalar sonucunda; Sivas Kongresi’nde Erzurum Kongresi’nce verilmiş olan kararlar bazı değişikler yapılarak kabul edildi. Erzurum’daki “Şarki Anadolu Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti” de dahil olmak üzere bütün cemiyetleri kapsayacak şekilde, Sivas Valiliğine müracaat edilerek, “Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti” adıyla yeni bir cemiyet kurulmuştur. Bu suretle milli teşkilatın bütün vatana yayılması sağlanmış ayrılıklar engellenmeye çalışılmıştır. Ayrıca başkanlığını Mustafa Kemal Paşa’nın yürüttüğü “Heyet-i Temsiliye, Doğu Anadolu’nun tamamını temsil eder yerine, “Heyet-i Temsiliye bütün vatanı temsil eder” denilerek heyetin üye sayısı 16 kişiye çıkarılmıştır. Sivas’ta her türlü işgal ve müdahaleye karşı “müdafaa ve mukavemet” kararı verilerek, vatanın herhangi bir parçasının hükümetçe terk ve ihmal edildiği takdirde geçici bir hükümet kurularak idarenin Millet adına ele alınacağı karar altına alınmıştır.  Misâk-ı Milli’nin temel esasları da yine burada ortaya konulmuştur. Kongrede doğu illeri adına delege olarak Erzurum Kongresi'nde seçilen Heyet-i Temsiliye (Temsil Kurulu) üyeleri bulunuyordu. Batı ve Orta Anadolu illerinden gelen diğer temsilcilerin de katılımı sayesinde Sivas Kongresi, ulusal bir kongre niteliği kazanmıştı. Kongre’de, Milli İradenin hâkim kılınması için daha önceden kapatılmış olan Meclisi Mebusan’ın (Mebuslar Meclisi) biran önce seçimlerin yapılarak toplanması istenmiştir. Ayrıca Milli hareketin sözcülüğünü yapacak bir gazetenin İrade-i Milliye adıyla yayımlanması  ve Ali Fuat Paşa’nın (CEBESOY), Batı Anadolu Kuva-yi Milliye Komutanlığına getirilmesi kararlaştırılmıştır. Kongre çalışmaları 12 Eylül günü halka açık bir toplantı ile sona ermiştir. Kongre delegeleri Kongreye katılan delege sayısı tartışmalı bir konudur. Ankara gibi bazı illerde vâlilik baskısı ile delege seçimi gerçekleşememiş, bazı illerden seçilen delegelerin ise yola çıkması engellenmiş, bu nedenle kongreye katılamamış veya kongre çalışmaları bittikten sonra Sivas’a gelebilmişlerdi. Sonradan katılanlarla birlikte delege sayısının 41'i bulduğu söylenebilir. (Farklı kaynaklara göre 31, 33, 38 katılımcı vardır.) Delegeler kongrenin ilk oturumunda İttihat ve Terakki ile bir bağları olmadığını ispat için bir yemin metni hazırlamış ve bu metni okumuştur. Metin şöyledir: "Makam-ı celil-i hilafet ve saltanata, İslamiyete, devlete, millete ve memlekete manen ve maddeten hizmetten başka bir gaye ve emelimiz olmadığına binaen kongrenin müzakeresi devamı müddetince ihtirasat-ı şahsiye ve siyasiyeden ve fırkacılık amalinden münezzeh bir azim ve iman ile çalışacağıma namusum ve bilcümle mukaddesatım namına vallah, billah” Kongre’de Alınan Kararlar 1. Osmanlı Devleti ile İtilaf Devletleri arasında yapılan Ateşkes Anlaşması’nın imzalandığı 30 Ekim 1918 tarihindeki sınırlarımız içinde kalan ve her noktasında çok büyük bir İslâm çoğunluğunun bulunduğu Osmanlı ülkesinin parçaları birbirinden ve Osmanlı topluluğundan parçalanamaz ve hiçbir sebeple ayrılmaz bir bütündür. Bu ülkede yaşayan bütün Müslüman halklar, birbirine karşılıklı hürmet ve fedakârlık duygularıyla dolu, birbirlerinin ırkî ve sosyal haklarına saygılı, yaşadıkları muhitin şartlarına tam olarak riayetkâr öz kardeştirler. 2. Osmanlı toplumunun bütünlüğü, millî istiklalimizin sağlanması, Hilâfet ve Saltanat yüce makamının dokunulmazlığı için Kuvâ-yi Milliye’yi etkili ve millî iradeyi hâkim kılmak esastır. 3. Osmanlı topraklarının herhangi bir parçasına karşı yapılacak müdahale ve işgale ve özellikle vatanımız içinde müstakil birer Rumluk ve Ermenilik kurulmasına yönelik hareketlere karşı, Aydın, Manisa ve Balıkesir Cephelerindeki millî cihatlarda olduğu gibi, elbirliğiyle savunma ve direnme esası meşru kabul edilmiştir. 4. Öteden beri aynı vatan içinde birlikte yaşadığımız, bütün gayr-i müslim azınlıkların her türlü hakları bütünüyle mahfuz bulunduğundan, bu azınlıklara siyasi egemenlik ve toplumsal dengemizi bozacak imtiyazlar verilmesi kabul edilmeyecektir. 5. Osmanlı Hükûmeti bir dış baskı karşısında memleketimizin herhangi bir parçasını terk ve ihmal etmek zorunda kalırsa, Hilafet ve Saltanat makamı ile vatan ve milletin dokunulmazlığını ve bütünlüğünü sağlayacak her türlü tedbir ve kararlar alınmıştır. 6. İtilaf Devletleri’nce Ateşkes Anlaşması’nın imzalandığı 30 Ekim 1918 tarihindeki sınırlarımız içinde kalıp İslâm çoğunluğunun oturmakta olduğu, kültür ve medeniyet üstünlüğünün Müslümanlarda bulunduğu ve bir bütün teşkil eden vatan topraklarının taksimi görüşünden büsbütün vazgeçip, bu topraklar üzerindeki tarihi, ırki, dini ve coğrafi haklarımıza riayet edilmesine ve buna aykırı teşebbüslere son verilmesine ve böylece hakka ve adalete dayalı bir karar alınmasını bekleriz. 7. Milletimiz insani, muasır (çağdaş) gayeleri yüceltir, teknik, sınaî ve ekonomik durumu ve ihtiyacımızı takdir eder. Böylece devlet ve milletimizin iç ve dış bağımsızlığı ve vatanımızın bütünlüğü saklı kalmak şartıyla, altıncı maddede yazılı sınırlar içinde, milliyet esaslarına saygılı olan ve memleketimize karşı istila emeli gütmeyen herhangi bir devletin teknik, sınaî, ekonomik yardımını memnuniyetle karşılarız. Bu adaletli ve insani şartların gerçekleşmesi, bir barışın acilen kararlaştırılması, insanlığın selameti ve dünyanın esenliği adına, en has millî emelimizdir. 8. Milletlerin kendi geleceğini bizzat kendilerinin tayin ettiği bu tarihi dönemde İstanbul Hükûmeti’nin de millî iradeye bağlı olması zaruridir. Çünkü millî iradeye dayanmayan herhangi bir hükûmetin keyfi kararlarına milletçe baş eğilmediği gibi, böyle kararların dışta da muteber olmadığı ve olamayacağı, şimdiye kadar geçen olaylarla ve sonuçlarla ortaya çıkmıştır. Böylece, milletin içinde bulunduğu sıkıntı ve endişeden kurtulmak çarelerine bizzat başvurmasına gerek kalmadan, İstanbul Hükûmeti’nin millî meclisi hemen ve hiç zaman yitirmeden toplaması ve böylece milletin, memleketin geleceği üzerinde alacağı bütün kararları millî meclisin denetimine sunması mecburidir. 9. Vatan ve milletimizin maruz kaldığı zulüm ve elemler ile ve hepsi aynı amaç ve maksatla millî vicdandan doğan vatansever ve millî cemiyetlerin birleşmesinden oluşan genel topluluk, bu kez “Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti” adını almıştır. Bu cemiyet her türlü particilik akımlarından ve şahsi ihtiraslardan uzaktır ve arınmıştır. Bütün Müslüman vatandaşlarımız bu Cemiyet’in tabii üyeleridir. 10. Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti’nin 4 Eylül 1919 tarihinde Sivas’ta toplanan Genel Kongresi tarafından, mukaddes maksadı takip ve genel teşkilatı idare etmek için bir Heyet-i Temsiliye seçilmiş ve köylerden il merkezlerine kadar bütün millî teşkilatlar takviye edilmiş ve birleştirilmiştir.